Việt Nam bày tỏ mối quan ngại về tác động môi trường của dự án này.[5] Theo một hội thảo tại hội nghị tham vấn về đề xuất Dự án kênh đào Funan Techo của Campuchia tổ chức tại Cần Thơ, ngày 23/4, có ý kiến cho rằng lượng nước từ dòng Mekong về miền Tây có thể giảm 50%, khả năng xâm nhập mặn sâu hơn, có thể ảnh hưởng hơn nửa diện tích canh tác vùng châu thổ đồng bằng sông Cửu Long.[7]Trả lời một số ý kiến lo ngại tàu chiến Trung Quốc có thể sử dụng kênh đào này, Thủ tướng Campuchia Hun Manet khẳng định: "Chúng tôi sẽ không cho phép (bất kỳ quốc gia nào) sử dụng đất nước của chúng tôi làm căn cứ chống lại quốc gia khác, chứ đừng nói đến căn cứ quân sự". Hun Manet cho rằng con kênh sẽ quá nông để một tàu chiến có thể đi qua.[8]